Yến sào Khánh Hòa được giới khoa học và người tiêu dùng trong nước cũng như thế giới đánh giá cao về chất lượng. Trong đó, yếu tố đầu tiên tạo nên chất lượng của Yến sào Khánh Hòa là sản phẩm đến từ phân loài yến quý hiếm và có giá trị bổ dưỡng cao trong các phân loài chim yến: phân loài Aerodramus Fuciphagus Germani.
Đây là phân loài đặc hữu tại các vùng duyên hải Việt Nam, cho tổ yến có giá trị bổ dưỡng cao, tập trung nhiều nhất tại tỉnh Khánh Hòa, khác biệt với chim yến Aerodramus Fuciphagus Amechanus chỉ làm tổ trong nhà.
Cùng với đó, nguồn gốc địa hóa, thành phần hóa học và khoáng vật phong phú tại những vách đá cheo leo hiểm trở, hang động dưới chân sóng vỗ quanh năm đã làm phong phú nguyên tố đa vi lượng trong tổ yến. Có thể nói, sự kết tinh của biển trời và non nước đã tạo nên hương vị quý hiếm của yến sào đảo thiên nhiên Khánh Hòa.
Dựa trên thế mạnh sẵn có đó, Công ty Yến sào Khánh Hòa đã bảo tồn, nuôi dưỡng, phát triển và khai thác khép kín nguồn lợi từ chim yến thiên nhiên. Các tổ yến đảo thiên nhiên Khánh Hòa sau khi thu hoạch được làm sạch lông, tạp chất bám trên bề mặt và được đóng hộp với nhiều định lượng khác nhau.
Quá trình chế biến yến sào đảo thiên nhiên không sử dụng hóa chất, hương liệu và chất bảo quản nên các sản phẩm luôn giữ được giá trị bổ dưỡng cao, đảm bảo hương vị đặc trưng tự nhiên.