Tiền thân của Công ty Cổ phần Tổng công ty Sông Gianh là Xí nghiệp Sản xuất vật liệu xây dựng huyện Quảng Trạch được thành lập ngày 26/4/1988. Nhiệm vụ của Xí nghiệp là sản xuất, khai thác vật liệu xây dựng để bán, phục vụ trong lĩnh vực xây lắp công trình.
Tháng 11/1991, Xí nghiệp được UBND tỉnh Quảng Bình chính thức phê duyệt luận chứng kinh tế kỹ thuật số 561/QĐ-UB ngày 16/11/1991 giao cho Xí nghiệp xây dựng dây chuyền sản xuất phân lân hữu cơ vi sinh.
Ngày 15/12/1992, Nhà máy Phân lân vi sinh Sông Gianh được thành lập theo quyết định số 39/QĐ-UB trực thuộc Sở Công nghiệp Quảng Bình.
Ngày 6/2/1996, UBND tỉnh Quảng Bình ra quyết định số 137/QĐ-UB đổi tên Nhà máy Phân lân vi sinh Sông Gianh thành Công ty Phân bón Sông Gianh.
Để thuận tiện cho việc sản xuất và tiêu thụ sản phẩm trên toàn quốc, Công ty đã mở nhiều chi nhánh và các đơn vị thành viên từ Hà Nội đến Thành phố Hồ Chí Minh, khu vực Tây Nguyên, ngoài ra còn mở rộng hoạt động trong các lĩnh vực sản xuất, nuôi trồng và chế biến thủy hải sản xuất khẩu. Chính vì vậy, ngày 16/2/2001, UBND tỉnh Quảng Bình ra quyết định số 227/QĐ-UB đổi tên Công ty Phân bón Sông Gianh thành Công ty Sông Gianh trực thuộc UBND tỉnh quản lý.
Thực hiện chủ trương sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp nhà nước, đầu năm 2009, Công ty Sông Gianh đã cổ phần hóa thành công và chính thức hoạt động theo mô hình công ty cổ phần ngày 7/2/2009.
Nói đến Tổng công ty Sông Gianh là nói đến các sản phẩm phân bón mang nhãn hiệu “Sông Gianh” uy tín và chất lượng. Tự hào về truyền thống của một đơn vị anh hùng và để đáp lại niềm tin của khách hàng, trong những năm tiếp theo, Tổng công ty Sông Gianh cam kết: Lấy lợi ích của người tiêu dùng làm kim chỉ nam cho mọi hành động, không ngừng nỗ lực phấn đấu nhằm nâng cao chất lượng sản phẩm, chất lượng phục vụ khách hàng, để phân bón Sông Gianh thực sự mang lại lợi ích vô tận, là người bạn hiền hòa của nhà nông.
Với niềm tin vững chắc và kỳ vọng vào sự phát triển của ngành nông nghiệp Việt Nam, sự thịnh vượng đi lên của quốc gia, tình yêu với con người và thiên nhiên xanh của Việt Nam, Tổng công ty Sông Gianh đã và đang nỗ lực không ngừng để ngày càng lớn mạnh và cùng Việt Nam phát triển bền vững.