Công ty Cổ phần Nam Dược được thành lập vào ngày 1/1/2004, được Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội chính thức cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh ngày 4/3/2004, có vốn điều lệ 3,5 tỷ đồng, với 23 cổ đông sáng lập.
Lĩnh vực kinh doanh tại thời điểm đó của Công ty là kinh doanh, đại lý mua bán, ký gửi dược phẩm, mỹ phẩm, thực phẩm; trang thiết bị y tế; tư vấn, đào tạo và dịch vụ chuyển giao công nghệ dược, mỹ phẩm.
Sau gần 20 năm năm thành lập, Nam Dược đã nỗ lực không ngừng hoàn thiện chuỗi giá trị của toàn hệ thống: Từ việc tiên phong phát triển vùng trồng dược liệu sạch đạt chuẩn quốc tế GACP-WHO (thực hành nuôi trồng và thu hái dược liệu sạch theo tiêu chuẩn của Tổ chức Y tế thế giới), nhà máy đạt bộ tích hợp tiêu chuẩn IMS gồm GMP-WHO, ISO, HACCP, TQM tới hệ thống phân phối phủ rộng khắp toàn quốc hơn 50.000 nhà thuốc.
Đầu tư mạnh cho nghiên cứu phát triển, cũng như quy trình quản trị, Nam Dược đã tạo ra bước bước tiến đột phá về chất lượng sản phẩm, tăng sự tin dùng của khách hàng trong nước, cũng như sự hài lòng và gắn bó của cán bộ nhân viên.